ЭВОЛЮЦИЯ И ФИЛОГЕНЕТИКА ГЕНОМА ВАРИАНТА "ОМИКРОН"
Ключевые слова: COVID-19; вариант "омикрон"; филогенетика; SARS-CoV-2
Источник: Kandeel M., Mohamed M.E.M., Abd El-Lateef H.M., Venugopala K.N., El-Beltagi H.S. Omicron variant genome evolution and phylogenetics. J Med Virol. 2021. DOI: https://doi.org/10.1002/jmv.27515 Epub ahead of print. PMID: 34888894.
После открытия варианта SARS-CoV-2 "омикрон" (B.1.1.529) глобальная вспышка COVID-19 вновь громогласно заявила о себе, хотя за прошедшие 2 года мы уже свыклись с ней. Этот новый вариант "омикрон" несет в себе гораздо больше мутаций по сравнению с предыдущими вариантами SARS-CoV-2.
Цель исследования - изучить эволюционные связи между давно циркулирующими и новым вариантом SARS-CoV-2 "омикрон".
Методы. Полученные цельные геномные последовательности вариантов SARS-CoV-2 выравнивали с использованием CLustaL Omega и сравнивали попарно, отмечая различия, долю идентичности, выпадения и мутации; на основании полученных данных генерировали матрицу идентичности. Филогенетические связи вариантов "омикрон" определяли с использованием различных эволюционных моделей замещения.
Результаты. С помощью ультраметрических и метрических методов кластерного анализа (UPGMA и метод присоединения соседей) на основе моделей замещения нуклеотидов, позволяющих включить нуклеотидные транзиции и трансверсии в качестве моделей Kimura 80, удалось показать, что вариант "омикрон" образует новый монофилетический клад, отдаленный от других вариантов SARS-CoV-2. В противоположность этому метод присоединения соседей с использованием базовой модели замещения нуклеотидов Джукса-Кантора позволил выявить тесную связь между вариантом "омикрон" и недавно обнаруженным вариантом "альфа". Исходя из процента совпадения последовательностей, ближайшие варианты располагаются в следующем порядке: омикрон, альфа, гамма, дельта, бета, мю и изолят SARS-CoV-2 (США). По результатам сопоставления геномов вариант "омикрон" показал наибольшее количество делеций, которое варьировало в диапазоне от 43 до 63.
Заключение. Учитывая тесную связь с вариантом "альфа", можно предположить, что "омикрон" существует гораздо дольше, чем предполагалось, даже несмотря на то что он входит в отдельную монофилетическую группу. Для изучения эволюции и мутаций вируса настоятельно рекомендуется проводить систематическое и полное секвенирование его генома.
© 2021 WiLey Periodicals LLC.
МЕХАНИЗМЫ ВОЗНИКНОВЕНИЯ МУТАЦИЙ ВАКЦИНОРЕЗИСТЕНТНОСТИ SARS-COV-2 В ЕВРОПЕ И АМЕРИКЕ
Источник: Wang R., Chen J., Wei G.W. Mechanisms of SARS-CoV-2 evolution revealing vaccine-resistant mutations in Europe and America. J Phys Chem Lett. 2021; 12 (49): 11850-7. DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.1c03380 PMID: 34873910; PMCID: PMC8672435.
Понимание эволюции SARS-CoV-2 имеет очень большое значение. Результаты последних исследований подтверждают, что естественный отбор играет роль основного механизма эволюции SARS-CoV-2, благоприятствуя мутациям, которые усиливают инфекционность. В работе показано, что мутации, обеспечивающие ускользание от поствакцинального ответа, представляют собой новый механизм эволюции вируса. В частности, мутация вакцинорезистентности Y449S, затрагивающая рецептор-связывающий домен белка S (spike), сочетающаяся с мутациями Y449S и N501Y, снижает инфекционную способность вируса по сравнению с оригинальным SARS-CoV-2, но делает его устойчивым к имеющимся вирус-нейтрализующим антителам. Отслеживание эволюционных траекторий мутаций вакцинорезистентности более чем в 2,2 млн геномов SARS-CoV-2 обнаружило, что частота их возникновения и распространенность сильно коррелирует с показателями вакцинации в Европе и Америке. Предполагают, что в условиях, когда большая часть населения мира вакцинирована или инфицирована, мутации вакцинорезистентности либо устойчивости к антителам, которые выявлены у штамма "омикрон", станут доминирующим механизмом эволюции SARS-CoV-2, одновременно выступая в качестве дополнительного фактора распространения инфекции. Полученные результаты проливают свет на механизмы эволюции и передачи SARS-CoV-2, что может позволить разработать вакцины и антительные препараты следующего поколения, не теряющие свою эффективность в отношении вариантов вируса с новыми мутациями.
ОМИКРОН (B.1.1.529): ИНФЕКЦИОННОСТЬ, ПРОРЫВ ПОСТВАКЦИНАЛЬНОГО ОТВЕТА И РЕЗИСТЕНТНОСТЬ К АНТИТЕЛАМ
Источник: Chen J., Wang R., Gilby N.B., Wei G.W. Omicron (B.1.1.529): Infectivity, vaccine breakthrough, and antibody resistance. ArXiv [Preprint]. 2021: arXiv:2112.01318v1. PMID: 34873578; PMCID: PMC8647651.
Последний вариант коронавируса тяжелого острого респираторного синдрома-2 (SARS-CoV-2) "омикрон" (B.1.1.529) вызвал панику во всем мире из-за своей заразности и "бегства"
от вакцин, обусловленных новоприобретенными мутациями. Инфекционность и устойчивость к антителам вариантов SARS-CoV-2 определяют по мутациям гена, кодирующего рецептор-связывающий домен (RBD) спайк (S) белка. Однако полное изучение варианта "омикрон" может занять недели или даже месяцы. Представлен всесторонний количественный анализ таких характеристик варианта "омикрон", как инфекционность, способность к прорыву поствакцинального ответа и устойчивость к антителам. Данные, полученные с помощью модели искусственного интеллекта, обученной на более 10 000 экспериментальных единиц данных и валидированной на материале реальных данных по SARS-CoV-2, показывают, что вариант "омикрон" может превышать заразность исходного вируса более чем в 10 раз и инфекционность варианта "дельта" почти в 2 раза. На основе анализа 132 трехмерных структур комплексов "антитело-RBD" авторы показывают, что способность ускользания от существующих вакцин у варианта "омикрон" в 2 раза превышает таковую варианта "дельта". Это может нанести серьезный удар по терапии моноклональными антителами от Eli Lilly, которые получили одобрение Управления по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA). Вариант "омикрон" также может быть устойчивым к моноклональным антителам от Celltrion и Университета Рокфеллера. Тем не менее следует ожидать, что вирус по-прежнему будет чувствителен к коктейлю моноклональных антител от Regeneron.
ХАРАКТЕРИСТИКА НОВОГО ВАРИАНТА SARS-COV-2 "ОМИКРОН" (B.1.1.529) И ЕГО ЗНАЧЕНИЕ В ГЛОБАЛЬНОМ МАСШТАБЕ
Ключевые слова: B.1.1.529; COVID-19; дельта; омикрон; рецептор-связывающий домен; SARS-CoV-2; варианты, вызывающие озабоченность
Источник: Saxena S.K., Kumar S., Ansari S., Paweska J.T., Maurya V.K., Tripathi A.K., et al. Characterization of the novel SARS-CoV-2 Omicron (B.1.1.529) variant of concern and its global perspective. J Med Virol. 2021. DOI: https://doi.org/10.1002/jmv.27524 Epub ahead of print. PMID: 34905235.
Последний открытый вызывающий озабоченность вариант (variant of concern - VOC) коронавируса, тяжелого острого респираторного синдрома-2 (SARS-CoV-2) "омикрон" быстро распространяется по земному шару. По сравнению с последним VOC (вариант "дельта") в нем было выявлено больше мутаций, способных повлиять на различные свойства вируса. Учитывая эти критические мутации и их последствия, включая повышение заразности, степени тяжести вызываемого заболевания и снижение эффективности доступных в настоящее время вакцин, диагностических и терапевтических средств, варианту "омикрон" был присвоен статус VOC. Примечательно, что 15 из этих мутаций находятся в области, кодирующей рецептор-связывающий домен спайк-гликопротеина, что может изменить трансмиссивность и инфекционность вируса, придать ему способность ускользать от нейтрализующих антител и вызывать заболевание у вакцинированных людей. Авторы исследования рассматривают особенности глобального распространения и наиболее важные мутационные изменения варианта SARS-CoV-2 "омикрон" в сравнении с вариантом "дельта". Также подробно рассмотрены важные с научной и практической точки зрения характеристики варианта "омикрон", определяющие его возможности распространения, включая горячие точки мутагенеза, динамику передачи, выявляемость с помощью диагностических тестов и иммуногенные свойства. В целом можно предположить, что из-за непрерывных изменений структуры спайк-гликопротеина ингибиторы прикрепления, избирательно действующие на коронавирус, не смогут получить статус терапии выбора для новых вызывающих озабоченность вариантов SARS-CoV-2. Поэтому следует направить как можно больше сил на изучение этого вопроса.
© 2022 Wiley Periodicals LLC.
ВАРИАНТ SARS-COV-2 "ОМИКРОН" И ЕГО СПОСОБНОСТЬ ИЗБЕГАТЬ ИММУННОЙ СИСТЕМЫ
Источник: Wang Y., Zhang L., Li Q., Liang Z., Li T., Liu S., et al. The significant immune escape of pseudotyped SARS-CoV-2 variant Omicron. Emerg Microbes Infect. 2022; 11 (1): 1-5. DOI: https://doi.org/10.1080/22221751.2021.2017757 PMID: 34890524.
Появление варианта "омикрон" откатило назад достижения в борьбе с SARS-CoV-2. Большое количество мутаций в гене спайк-белка может повлиять на способность иммунной системы эффективно распознавать и элиминировать вирус как при естественном инфицировании, так и после вакцинации. В проведенном исследовании сконструировали псевдотипированный вариант SARS-CoV-2 "омикрон". Выполнен анализ нейтрализующей активности образцов сыворотки крови 28 выздоравливающих пациентов с COVID-19, вызванным оригинальным штаммом SARS-CoV-2, в отношении псевдотипированного варианта "омикрон", а также других вызывающих озабоченность вирусов (альфа, бета, гамма, дельта) и вирусов, представляющих интерес (лямбда, мю). Результаты показали снижение вирус-нейтрализующей активности этих сывороток крови против варианта "омикрон" приблизительно в 8,4 раза (ED50 = 66) по сравнению с эталонным штаммом D614G (ED50 = 556). В то же время нейтрализующая активность в отношении остальных вирусов снизилась примерно в 1,2-4,5 раза. Результаты этого анализа in vitro предполагают, что вариант "омикрон" может быть менее восприимчив к эффекторным механизмам естественного и поствакцинального иммунитета по сравнению с остальными вариантами SARS-CoV-2.
© 2021 The Author(s). Published by Informa UK Limited, trading as Taylor & Francis Group, on behalf of Shanghai Shangyixun Cultural Communication Co., Ltd.
СРАВНЕНИЕ ДИАГНОСТИЧЕСКОЙ ЭФФЕКТИВНОСТИ АНАЛИЗА QUANTIFERON-TB GOLD PLUS С ДРУГИМИ ТЕСТАМИ НА ВЫЯВЛЕНИЕ ЛАТЕНТНОЙ ТУБЕРКУЛЕЗНОЙ ИНФЕКЦИИ: СИСТЕМАТИЧЕСКИЙ ОБЗОР И МЕТААНАЛИЗ
Ключевые слова: QuantiFERON-TB Gold Plus; анализ высвобождения интерферона-γ; латентная туберкулезная инфекция; чувствительность; специфичность
Источник: Oh C.E., Ortiz-Brizuela E., Bastos M.L., Menzies D. Comparing the diagnostic performance of QuantiFERON-TB Gold Plus to other tests of latent tuberculosis infection: A systematic review and metaanalysis. Clin Infect Dis. 2021; 73 (5): e111625. DOI: https://doi.org/10.1093/cid/ciaa1822 PMID: 33289038; PMCID: PMC8423471.
В систематическом обзоре представлены результаты сравнения чувствительности, специфичности, воспроизводимости и прогностической ценности тестов QuantiFERON-TB Gold Plus (QFT-Plus) и QuantiFERON-TB Gold In-Tube (QFT-GIT); QIAGEN, Hilden, Германия, с другими тестами для выявления латентной туберкулезной инфекции.
Методы. Поиск данных проведен в MEDLINE, EMBASE, Web of Science и Кохрановской базе данных систематических обзоров (январь 2013 г. - май 2020 г.). Были включены исследования сравнения теста QFT-Plus, как минимум, с одним другим тестом на выявление латентной туберкулезной инфекции. Чувствительность оценивали по исследованиям пациентов с активным туберкулезом, а специфичность - по исследованиям здоровых людей с низким риском развития латентной туберкулезной инфекции. 3 независимых эксперта оценивали пригодность публикаций, извлекали данные и оценивали риск систематической ошибки.
Результаты. У пациентов с активным туберкулезом чувствительность QFT-Plus была на 1,3% выше по сравнению с QFT-GIT [95% доверительный интервал (ДИ) от -0,3 до 2,9%]; в 2 исследованиях пациентов с очень низкой вероятностью латентной туберкулезной инфекции специфичность была на 0,9% ниже (95% ДИ от -2,4 до 0,6%). Эти различия не были статистически значимыми. Согласованность между QFT-Plus и QFT-GIT была высокой [объединенный коэффициент каппа Коэна 0,83 (95% ДИ 0,79-0,88)]. Соответственно воспроизводимость QFT-GIT и QFT-Plus была низкой. Все участники исследований по оценке чувствительности методов были в возрасте ≥15 лет, и только 6 из них были инфицированы вирусом иммунодефицита человека. Не найдено исследований по оценке прогностической способности тестов.
Заключение. QFT-Plus и QFT-GIT обладают схожими диагностическими возможностями. Прежде чем сделать вывод о том, дает ли эта новая версия теста какие-либо преимущества, необходимы дальнейшие исследования для оценки чувствительности QFT-Plus у пациентов с ослабленным иммунитетом и детей младшего возраста.
© The Author(s) 2020. Published by Oxford University Press for the Infectious Diseases Society of America. All rights reserved.
ЭФФЕКТИВНОСТЬ ТЕСТА FUJILAM ПРИ ДИАГНОСТИКЕ ТУБЕРКУЛЕЗА: СИСТЕМАТИЧЕСКИЙ ОБЗОР И МЕТААНАЛИЗ
Ключевые слова: FujiLAM; метаанализ; чувствительность; специфичность; туберкулез
Источник: Li Z., Tong X., Liu S., Yue J., Fan H. The value of FujiLAM in the diagnosis of tuberculosis: A systematic review and meta-analysis. Front Public Health. 2021; 9: 757133. DOI: https://doi.org/10.3389/fpubh.2021.757133 PMID: 34900905; PMCID: PMC8655683.
Одной из основных проблем остается своевременная и точная диагностика туберкулеза. Липоарабиноманнан (LAM) представляет собой специфический компонент клеточной оболочки Mycobacterium tuberculosis, а также потенциальный биомаркер для диагностики туберкулеза. Недавно был разработан удобный иммунохроматографический анализ на тест-полосках для диагностики туберкулеза Fujifilm SILVAMP TB LAM (FujiLAM), основанный на определении LAM в моче. Из-за различий в диагностической эффективности FujiLAM в оригинальных исследованиях проведен метаанализ с целью изучения различных аспектов этого теста в контексте его диагностической ценности при туберкулезе.
Источники данных. Выполнен поиск в базах данных PubMed и EMBASE, а также с помощью коммерческих поисковых систем для выявления соответствующих исследований.
Методы. Поиск в базах данных проводили с использованием терминов "туберкулез" или "ТВ" и Fujifilm SILVAMP TB LAM или FujiLAM. Скрининг, чтение публикаций, извлечение данных и оценку качества данных выполняли 2 независимых эксперта. Рассчитывали объединенную чувствительность, специфичность, отношение правдоподобия положительного результата, отношение правдоподобия отрицательного результата и диагностическое отношение шансов. Чтобы свести к минимуму потенциальную неоднородность, провели анализ подгрупп.
Результаты. В метаанализ было включено 9 статей. При сравнении с микробиологическим анализом чувствительность и специфичность теста FujiLAM составили 0,70 и 0,93 у взрослых и 0,51 и 0,87 у детей соответственно. При сравнении с эталонным стандартом чувствительность и специфичность FujiLAM составили 0,59 и 0,96 у взрослых и 0,27 и 0,86 у детей. Результаты анализа подгрупп показали более высокую диагностическую чувствительность теста FujiLAM у взрослых и детей с ВИЧ-инфекцией или количеством CD4 клеток <200/мкл.
Заключение. Результаты этого метаанализа указывают на высокую диагностическую ценность теста FujiLAM в диагностике туберкулеза у взрослых.
© 2021 Li, Tong, Liu, Yue and Fan.
ДИАГНОСТИЧЕСКАЯ ЦЕННОСТЬ ВЫЯВЛЕНИЯ микроРНК-155 ПРИ АКТИВНОМ ТУБЕРКУЛЕЗЕ: СИСТЕМАТИЧЕСКИЙ ОБЗОР И МЕТААНАЛИЗ
Источник: Li X., He J., Wang G., Sun J. Diagnostic value of microRNA-155 in active tuberculosis: A systematic review and meta-analysis. Medicine (Baltimore). 2021; 100 (46): e27869. DOI: https://doi.org/10.1097/MD.0000000000027869 PMID: 34797326; PMCID: PMC8601318.