Проблемы лабораторной диагностики и идентификации видов микобактерий

Резюме

Нетуберкулезные микобактерии являются широко распространенными микроорганизмами, которые способны вызывать микобактериоз как у человека, так и у животных и птиц.

Цель исследования - анализ современных представлений о материалах и методах, используемых в лабораторной диагностике микобактериоза.

Заключение. Для диагностики микобактериальной инфекции используются различные методы лабораторной диагностики, однако внедрение в рутинную практику новых методов секвенирования нуклеиновых кислот позволит сократить время и стоимость исследования, значительно улучшить этиологическую диагностику микобактериозов.

Ключевые слова:микобактериоз, лабораторная диагностика, секвенирование нуклеиновых кислот, эпидемиология, бактериология

Финансирование. Исследование не имело спонсорской поддержки.

Конфликт интересов. Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.

Вклад авторов. Концепция и дизайн исследования - Фазылов В.Х.; сбор и обработка материала - Петров И.В.; написание текста - Фазылов В.Х., Петров И.В., Петрова Л.В., Петрова Ф.С., Амирова Т.Х.; редактирование - Фазылов В.Х., Петров И.В.; утверждение окончательного варианта статьи - Фазылов В.Х., ответственность за целостность всех частей статьи - Петров И.В.

Для цитирования: Фазылов В.Х., Петров И.В., Петрова Л.В., Петрова Ф.С., Амирова Т.Х. Проблемы лабораторной диагностики и идентификации видов микобактерий // Инфекционные болезни: новости, мнения, обучение. 2021. Т. 10, № 3. С. 118-126. DOI: https://doi.org/10.33029/2305-3496-2021-10-3-118-126

Атипичный микобактериоз (АМ), вызванный не Mycobacterium tuberculosis, а другими нетуберкулезными микобактериями (НТМБ), имеет схожую клиническую картину с туберкулезом, но отличается схемами лечения. НТМБ могут вызывать поражение практически всех органов и систем организма человека с клиническими проявлениями, особенно среди иммунокомпрометированных пациентов, и протекать в виде "носительства". Трудности диагностики микобактериоза, вызванного НТМБ, отчасти вызваны неинформированностью врачей и врачей-бактериологов о возможности развития микобактериоза у пациента и ненадлежащим лабораторным обеспечением [1].

Известно, что микобактериоз развивается не только у человека, но и у животных, которые при данной инфекции вовлекаются в эпидемический процесс. Примером могут быть заболевания крупного рогатого скота, вызванные M. paratuberculosis (болезнь Джонса) и кур (и других птиц) - M. avium [2, 3].

Заболевания, вызванные НТМБ, обнаруживают и у рыб, в том числе аквариумных. У больных рыб наблюдают повреждения кожи, иногда - кератозный конъюнктивит. Болезнь заканчивается гибелью рыб. При патологоанатомических исследованиях отмечают поражения печени и почек. Возбудитель заболевания из естественных водоемов заносится в аквариум вместе с рыбами, кормом, растениями и грунтом, если он не был продезинфицирован надлежащим образом, а также вместе с рыбами, растениями, водой и инвентарем из другого зараженного аквариума. Установлено, что M. marinum патогенна для лягушек [4-6].

Характерные изменения в тканях при заболеваниях, вызванных микобактериями, были выявлены у королевского питона, инфицированного M. haemophilum и M. marinum (по данным молекулярно-генетических исследований) [7].

Анализ материалов зарубежной и отечественной литературы показал, что распространение ВИЧ-инфекции сопровождается увеличением числа заболеваний микобактериозами, особенно на поздних стадиях ВИЧ-инфекции, что позволило идентифицировать микобактериоз как СПИД-индикаторную инфекцию [8].

Ряд исследователей указывают, что на первом месте среди АМ по частоте выявления у пациентов с ВИЧинфекцией находится микобактериоз, вызванный M. avium complex (МАС) [9]. МАС-инфекция проявляется в виде генерализованного процесса в данной группе больных и приводит к летальному исходу. Увеличение заболеваемости диссеминированной МАС-инфекцией приходится на 1980-е годы, когда началась эпидемия ВИЧ-инфекции.

Частота идентификации АМ сильно варьирует на разных территориях. Зарубежными исследованиями установлено, что МАС-инфекция ассоциировалась со стадией СПИДа в 10% случаев в Швеции, в 22% - в Германии, до 24% - в Англии. В США при аутопсии МАС-инфекция была выявлена в 55% случаев [10]. В то же время за период регистрации ВИЧ-инфекции на территории Республики Марий Эл с 1990 по 2017 г. было выявлено всего 3 случая микобактериоза, ассоциированного с ВИЧ-инфекцией [11].

Из-за схожести клинической картины и лабораторноинструментальных данных с другими оппортунистическими инфекциями, в частности с туберкулезом и цитомегаловирусной инфекцией, АМ у ВИЧ-инфицированных людей вызывает трудности в дифференциальной диагностике. В настоящее время в России окончательная идентификация НТМБ проводится только лабораториями фтизиатрического профиля и практически невозможна в других лечебных организациях. Имеется ряд проблем корректной трактовки результатов бактериологических исследований на микобактериоз. При лабораторном исследовании культуры НТМБ существует вероятность, что полученный положительный результат может указывать как на связь выделенных НТМБ с патологическим процессом, так и на возможную контаминацию образца из внешней среды или бессимптомную колонизацию органов и систем больного. В связи с этим требуется обеспечение противоэпидемического режима в бактериологических лабораториях, в том числе при проведении микробиологического мониторинга объектов среды в самой лаборатории [12].

Цель - анализ современных методов лабораторной диагностики возбудителей микобактериоза.

Материал и методы

Проанализированы публикации текстовой базы медицинских данных PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ pubmed), материалы научной электронной библиотеки (http://elibrary.ru), электронные ресурсы Web of Science (http://webofknowledge.com), Scopus (https://www.scopus.com), ACP Journal Club (http://www.acpjc. org), данные библиотечного фонда ФГБОУ ВО "Марийский государственный университет" за 1996-2021 гг.

Поиск информации осуществляли по ключевым словам: non-tuberculous mycobacteria, mycobacteriosis, diagnosis. Из 327 найденных источников отобрано 113 с учетом ключевых слов; после проведенного анализа отобранной литературы в настоящее исследование в соответствии с целью работы было включено 48 источников.

Результаты и обсуждение

Лабораторная диагностика микобактериальной инфекции основана на использовании различных методов исследования. Например, основанием для постановки диагноза "микобактериоз" могут служить результаты исследования культур, выделенных из ≥2 образцов диагностического материала [13].

Основным методом выявления НТМБ из окружающей среды многие годы был микробиологический, в настоящее время широко стали использовать молекулярно-генетические тесты.

Известно, что антропогенное воздействие на экологию приводит к увеличению количества НТМБ во внешней среде: в воде и почве. Одним из основных мест обитания НТМБ в окружающей среде является вода [14-17].

Такие виды, как M. xenopi, M. smegmatis, M. simiae и МАС, способны существовать при температуре 45-55 °С. Другие виды, например M. kansasii, M. gordonae, M. fortuitum, M. chelonae, M. abscessus и M. mucogenicum, способны осуществлять жизнедеятельность в холодной воде. МАС и быстрорастущие НТМБ часто обнаруживают в составе биопленки систем централизованного водоснабжения, т.е. происходит естественное культивирование НТМБ [18-20].

В Российской Федерации не во всех регионах проводят выделение и идентификацию НТМБ. Результаты эпидемиологических исследований, проведенных в ряде субъектов РФ по выявлению НТМБ в 2011-2017 гг., показали, что наиболее распространены виды, принадлежащие комплексу МАС (38,24%), при этом в 0,41% (3 случая) это культуры M. аvium и M. intracellulare (Московский регион) и в 0,14% (1 случай) - M. avium и M. kansasii (Ростов-на-Дону) [21, 22]. Частота выявления МАС среди медленно растущих НТМБ составила 49,29%, однако стоит отметить некоторые региональные особенности. Комплекс MAC среди медленно растущих НТМБ преобладал в Центральном федеральном округе, в Калининграде, в европейской части Приволжского федерального округа и в Оренбурге [23]. В Ростове-на-Дону и Перми комплекс МАС встречался примерно на одинаковом уровне с M. gordonae [24]. В Ханты-Мансийске, где MAC встречался реже, чем M. gordonae, в комплексе преобладали M. intracellulare, а не M. avium [25]. В ряде регионов имеются другие особенности. Например, в Сыктывкаре отсутствует M. kansasii, в Московском регионе отмечена высокая распространенность M. xenopi [26]. M. xenopi не встречается или обнаруживается единично в Ростове-на-Дону, в Северо-Западном федеральном округе, в Екатеринбурге, ряде субъектов европейской части Приволжского федерального округа [27]. Установлено, что M. lentiflavum является микрофлорой дыхательных путей при частоте встречаемости 9,08%. Часто этот вид выявляли в Московском регионе, а в Сыктывкаре он был преобладающим представителем НТМБ [28]. Среди быстрорастущих НТМБ, выделенных из дыхательных путей пациентов, отмечено преобладание M. fortuitum (40,49%, за исключением Московского региона) [29].

Согласно зарубежным данным, в США распространенность микобактериоза составляет 1,8 на 100 тыс. населения, при этом около 60% из них вызываются MAC [30]. В опубликованной научной литературе имеются данные, указывающие на рост заболеваемости микобактериозом в ряде европейских государств (Великобритания, Нидерланды, Дания, Испания), а также в Японии и Бразилии [31].

Австрийскими учеными проведены исследования образцов мезентериальных лимфатических узлов, ткани печени, легких и исследования ткани плода 483 диких животных (живых и павших) и 338 забитых коров. Лабораторные исследования включали полимеразную цепную реакцию (ПЦР) и бактериологический метод. Среди диких животных и птиц были обследованы красные олени (в том числе павшие), косули, серны, муфлоны, козероги, лисы, горные зайцы, дикие мыши, глухари - у всех этих видов обнаружена М. paratuberculosis.

В некоторых случаях была установлена внутриутробная передача НТМБ. В большинстве случаев у диких животных НТМБ были выделены из легких, печени и подкожных гранулем. При изучении 338 образцов мезентериальных лимфатических узлов крупного рогатого скота из 333 хозяйств в 88 образцах из 77 хозяйств обнаружены признаки паратуберкулеза.

Авторы подчеркивают, что увеличение частоты паратуберкулеза у диких животных заставляет быть "настороженным" в отношении того, что они могут стать источником заражения крупного рогатого скота домашних хозяйств - это частично подтверждено при проведении молекулярно-генетических исследований [32]. MAC являются возбудителем заболевания, подобного туберкулезу, у птиц (в первую очередь домашних - кур, гусей) [33].

В совместной работе специалистов из Германии (Институт медицинской микробиологии, Ганновер) и США (Клиника Мэйо, Миннесота) показано, что идентификация микобактерий на видовом уровне с помощью традиционных биохимических тестов была сопряжена с большими временными затратами, и это приводило к значительным издержкам в диагностике. Другие методы, основанные на анализе липидов, такие как высокоэффективная жидкостная хроматография, тонкослойная хроматография и газожидкостная хроматография, относятся к дорогостоящим и могут использоваться только в очень немногих клинических лабораториях. Идентификация с помощью зондов нуклеиновых кислот (Gen-Probe, Inc., San Diego, Calif.) является быстрой и широко используемой диагностической процедурой, но она охватывает только узкий круг видов микобактерий.

Исследователи сравнили фенотипические и молекулярные методы идентификации микобактерий. Традиционные культуральные методы включали анализ скорости роста, морфологию колоний, биохимические профили и газожидкостную хроматографию короткоцепочечных жирных кислот. Молекулярная идентификация исследователями была проведена ПЦР-опосредованным частичным анализом последовательности гена, кодирующего 16S рРНК. В исследование было включено 34 изолята: 13 изолятов соответствовали установленным видам, а 21 изолят - ранее нехарактерным таксонам. Для 5 изолятов фенотипический и молекулярный анализы дали идентичные результаты.

Для других 5 изолятов - незначительные расхождения; 4 изолята остались неопознанными после биохимического тестирования. Для 20 изолятов выявлены серьезные расхождения между традиционными и молекулярными методами типирования.

Ретроспективный анализ данных показал, что противоречивые результаты были обусловлены ошибочными результатами биохимических тестов или неверной их интерпретацией. В частности, схемы фенотипической идентификации были связаны с признанием ранее не описанных таксонов. Ученые пришли к выводу, что молекулярное типирование с помощью определения 16S рРНК не только быстрое (от 12 до 36 ч по сравнению с неделями), но и более точное, чем традиционное типирование [34].

НТМБ представляют собой разнородную группу, поэтому при идентификации возбудителей микобактериоза активно используется филогеномный анализ. Клинический изолят М26, выделенный из дыхательных путей пациента во Французской Полинезии, демонстрировал необычный фенотип и противоречивую филогенетическую принадлежность, что наводило на мысль о доселе неизвестном быстрорастущем виде микобактерии. Далее был охарактеризован фенотип штамма М26 и секвенирован его геном. Было установлено, что геном штамма М26 состоит из циркулярной хромосомы 5,732,017-bp без плазмиды и содержания 67,54% GC, включающей 5500 белок-кодирующих генов и 52 гена РНК (в том числе 2 копии гена 16S рРНК). Была определена область, кодирующая предполагаемый профаг. Интригующей характеристикой генома штамма М26 являлось большое количество генов, кодирующих поликетидсинтазы и нерибосомальные пептидсинтазы. Филогеномный анализ показал, что геном штамма М26 наиболее близок к геному M. phlei со средней нуклеотидной идентичностью 76,6%. Сравнительная геномика 33 геномов микобактерий выявила 361 ген, уникальный для штамма М26, функциональная аннотация которых выявила 84,21% неизвестных функций и 3,88% кодирующих транспорт и метаболизм липидов; в то время как 48,87% генов, отсутствующих в штамме М26, имеют неизвестную функцию, 9,5% вовлечены в транскрипцию и 19% в транспорт и метаболизм. Уникальные фенотипические и геномные характеристики штамма М26 указывают на то, что он является представителем нового вида под названием M. massilipolynesiensis. Поиск микобактерий в отдаленных географических районах позволяет обнаружить новые виды микобактерий [35].

При диагностике туберкулеза у человека и животных, исследовании образцов окружающей среды на микобактерии активно используют ПЦР. Исследования, основанные на данном методе, обосновывают эффективность применения ПЦР для молекулярной характеристики микобактериального вкрапленного тандемного повтора с переменным числом единиц (MIRU-VNTR) [36].

Для эпидемиологических исследований распространенности MAC в настоящее время в качестве эталонного метода молекулярного типирования используется анализ рестрикционного фрагментарного полиморфизма (RFLP) на основе инсерционных последовательностей IS1245 и IS1311 [37-39].

Комплекс MAC в настоящее время включает 8 видов медленно растущих микобактерий, ассоциированных с окружающей средой и животными: M. avium, M. intracellulare, M. chimaera, M. colombiense, M. arosiense, M. bouchedurhonense, M. marseillense и M. timonense. У людей MAC вызывает оппортунистические инфекции, распространенность которых остается плохо изученной отчасти из-за отсутствия метода генотипирования, применимого ко всем 8 видам MAC.

Для генотипирования MAC Caroline Cayrou и соавт. разработали метод мультиспейсерного последовательного типирования (MST), основанный на секвенировании [40]. Выравнивание последовательности генома M. avium subsp. Штамм 104 hominissuis и M. avium subsp. strain paratuberculosis к-10 выявил 621 межгенный спейсер (тандемный повтор). Из них были отобраны 16 спейсеров, которые варьировали от 300 до 800 пар оснований и содержали ряд переменных оснований. 4 спейсера были успешно ПЦР-амплифицированы и секвенированы в 11 референтных штаммах. Объединение последовательности этих 4 спейсеров в 106 образцах MAC, включая 83 M. avium, 11 - M. intracellulare, 6 - M. chimaera, 2 - M. colombiense и по 1 из M. arosiense, M. bouchedurhonense, M. marseillense и M. timonense, дало в общей сложности 45 типов спейсеров с индексом дискриминации 0,94. Каждый тип спейсера был специфичен для конкретного вида, а некоторые типы спейсеров были специфичны для подвида M. avium. MST - это новый метод генотипирования образцов, принадлежащих к любому из 8 видов MAC, протестированных в данном исследовании.

Минимальный объем обследования пациента с подозрением на нетуберкулезное микобактериальное заболевание легких должен включать взятие образцов мокроты для выявления быстрорастущих кислотоустойчивых бактерий. Клеточная стенка микобактерий содержит значительно больше липидов, в отличие от других грамположительных микроорганизмов, что способствует восприятию основных красителей, применяемых при микроскопическом исследовании нативного и обработанного материала, в том числе чистых культур. Применение специальных методов окраски по методу Циля-Нильсена и восприимчивость к флюорохромным красителям (аурамин и родамин) дает возможность выявить микобактерии в клиническом материале, но не позволяет провести дифференциальную диагностику НТМБ с микобактериями туберкулезного комплекса [41].

С целью исключения ложноположительных результатов необходимо предотвращать риски контаминирования биологического материала (например, мокроты, промывных вод бронхов и т.д.) микобактериями из окружающей среды [42, 43]. Это требует неукоснительного соблюдения алгоритмов диагностических процессов и санитарно-противоэпидемического режима в медицинской организации.

Применение культурального метода для идентификации НТМБ имеет определенные особенности по сравнению с условиями культивирования микобактерий туберкулезного комплекса. Это связано с некоторыми факторами, например с неоднородностью НТМБ. Культивирование на плотных (Финн-II, Левенштейна-Йенсена) и жидких (Миддлбрук) средах определяется как общепринятая методика выделения микобактерий из клинического материала [44]. В настоящее время в лабораториях медицинских организаций используют автоматические и полуавтоматические системы культивирования, которые основаны на работе с жидкими питательными средами. Однако выбор оптимальной комбинации среды при выделении НТМБ из клинического материала остается открытым. Например, если использовать только жидкие питательные среды, сохраняется риск невыделения из материала таких медленно растущих НТМБ, как M. xenopi, что обусловлено замедленным метаболизмом этого микроорганизма. С другой стороны, слишком активный рост некоторых быстрорастущих НТМБ может быть косвенно расценен как контаминация материала сапрофитной микрофлорой. По этой причине необходима визуальная оценка всех отрицательных на микобактерии туберкулеза пробирок (на жидкой питательной среде), но с наблюдающимся ростом какой-либо микрофлоры, особенно при отрицательном результате ПЦР-исследования и позитивном микроскопическом результате образца патологического материала с использованием либо микроскопии с окраской по Цилю-Нильсену, либо пересева на плотные питательные среды. Использование только плотных питательных сред также ограничивает возможность выделения некоторых микроорганизмов из НТМБ из-за особенностей их метаболизма, а также различий в температурном оптимуме при культивировании некоторых НТМБ [45].

НТМБ широко распространены в окружающей среде, их резервуар - как люди, так и животные, что подчеркивает зоонозный потенциал этих бактерий. Воздействие НТМБ на хозяина может вызывать перекрестную иммунную реакцию и повлиять на результаты диагностики туберкулеза крупного рогатого скота, а также играть определенную роль в эффективности вакцинации против туберкулеза БЦЖ M. bovis.

N. Gcebe и соавт. исследовали 10 изолятов НТМБ, полученных из проб воды, почвы, носовых мазков крупного рогатого скота и африканских буйволов, а также образцов тканей крупного рогатого скота. Эти изоляты были ранее идентифицированы во время обследования на НТМБ, и все они были определены с помощью анализа последовательности 16S рДНК как M. moriokaense. Для характеристики этих изолятов был использован полифазный подход, включающий фенотипическую характеристику, определение чувствительности к антибиотикам, миколовой кислоте и филогенетический анализ 4 локусов генов, а именно 16S рДНК, hsp65, sodA и rpoB.

Анализ данных последовательностей 4 локусов генов показал, что эти изоляты принадлежат к уникальному виду микобактерий. Эти данные дополнительно подтверждены несколькими различиями в фенотипических характеристиках между изолятами и близкородственными видами. Исследователи предложили для этого нового вида название M. malmesburyense sp. nov. Типовой штамм - WCM 7299T (ATCC® BAA-2759TM = CIP 110822T). Номера частичных последовательностей генов [16S rDNA, hsp65, rpoB и sodA] для данного штамма следующие: 16S rRNA= KJ 873241; hsp65 = KJ 873243; rpoB = KJ 873245; soda = KJ 873247 [46].

L. Hall и соавт. [47] провели оценку микробной идентификационной системы MicroSeq 500 методом секвенирования нуклеиновых кислот и опыт клиники Мэйо с ее интеграцией в рутинные клинические лабораторные практики. Оценку системы MicroSeq 500 проводили с использованием 59 штаммов американской коллекции культур (ATCC) и 328 клинических изолятов микобактерий, идентифицированных обычным и 16S-рибосомным секвенированием ДНК. Секвенирование нуклеиновых кислот выявило 58 из 59 штаммов (98,3%) АТСС уровня вида в соответствующей группе или комплексе. Результаты идентификации 219 из 243 клинических изолятов (90,1%) с баллом дистанции <1% соответствовали идентификациям согласно фенотипированию. Остальные 85 изолятов отличались баллом дистанции >1%; 35 (41,1%) штаммов были идентифицированы на видовом, групповом или комплексном уровне; 13 (15,3%) штаммов были идентифицированы на уровне вида. Все 85 изолятов были определены как микобактериальные виды, либо новые виды, либо виды, которые демонстрировали значительное генотипическое расхождение в базе данных с наиболее близким совпадением. Интеграция секвенирования нуклеиновых кислот в рутинную микобактериологическую лабораторию и использование микробной идентификационной системы MicroSeq 500 и баз данных клиники Мэйо, содержащих дополнительные генотипы общих видов и добавленные виды, значительно сократили число микроорганизмов, которые не могли быть идентифицированы фенотипическими методами. Время выполнения работы сокращено до 24 ч, результаты были известны гораздо раньше. Ограниченное число видов не может быть дифференцировано друг от друга с помощью 16S-рибосомного секвенирования ДНК, однако этот метод обеспечивает идентификацию необычных видов, бо́льшую ее точность и обещает быть наиболее точным доступным методом.

A. Mcnabb и соавт. [48] использовали собственную базу данных, состоящую из 111 последовательностей hsp65 предполагаемых и валидных видов или описанных групп микобактерий для идентификации 689 клинических изолятов микобактерий 35 видов или групп. Предварительная оценка показала, что секвенирование hsp65 позволило идентифицировать 79,4% изолятов из 32 исследованных видов, включая все изоляты комплекса M. tuberculosis, все изоляты из 13 других видов и 95,6% всех изолятов комплекса M. avium-M. intracellulare. Различия в идентификации чаще всего установлены для изолятов, характеризованных как M. chelonae, M. fortuitum, M. gordonae, M. scrofulaceum и M. terrae. Повторное исследование изолятов с противоречивыми идентификациями подтвердило, что идентификация hsp65 была корректной еще у 40 изолятов. Это привело к согласованию результатов между секвенированием hsp65 и другими методами идентификации в 85,2% случаев. Остальные 102 изолята отличались совпадениями последовательностей, которые соответствовали ниже принятым авторами критериям приемлемости.

Уверенность в идентификации последовательности hsp65 клинического изолята лучше всего проявляется при совпадении последовательности на 100%, но результаты показали, что правильной идентификация может быть в том случае, когда происходит однозначное совпадение, превышающее 97%, но зависящее от полноты базы данных. Исследование продемонстрировало, что для обоснования секвенирования hsp65 в качестве эффективного средства идентификации микобактерий необходимо создание всеобъемлющей базы данных. Секвенирование hsp65 имеет преимущество в скорости выполнения и цене по сравнению с биохимической тест-панелью, так как используется один набор реагентов для идентификации как быстрорастущих, так и медленно растущих микобактерий, и оно обеспечивает более точную их идентификацию.

Таким образом, нетуберкулезные микобактерии широко распространены в окружающей среде и способны вызывать микобактериоз у человека и животных. Особую настороженность следует проявлять при диагностике микобактериальной инфекции среди иммунокомпрометированных пациентов, например людей с положительным ВИЧ-статусом. Обзор отобранных публикаций позволяет констатировать, что внедрение новых современных методов диагностики, в частности секвенирование нуклеиновых кислот, использование микробной идентификационной системы и баз данных, содержащих дополнительные генотипы общих видов и добавленные виды, в рутинную микобактериологическую лабораторию могут значительно улучшить этиологическую диагностику и сократить число микроорганизмов, которые не могли быть идентифицированы ранее другими методами. Новые методы диагностики микобактериоза имеют преимущество в скорости выполнения и цене процедуры, обеспечивая в то же время более точную идентификацию возбудителя.

1. Петрова Ф.С., Петров И.В., Амирова Т.Х., Петрова Л.В. Микобактериоз: обзор доказанных клинических проявлений у человека // Вестник Авиценны. 2020. Т. 22, № 3. С. 484-490. DOI: https://doi.org/10.25005/2074-0581-2020-22-3-484-490

2. Bercovier H., Vincent V. Mycobacterial infections in domestic and wild animals due to Mycobacterium marinum, M. fortuitum, M. chelonae, M. porcinum, M. farcinogenes, M. smegmatis, M. scrofulaceum, M. xenopi, M. kansasii, M. simiae and M. genavense // Rev. Sci. Tech. 2001. Vol. 20, N 1. P. 265-290.

3. Falkinham J.O. 3rd. Environmental sources of nontuberculous mycobacteria // Clin. Chest Med. 2015. Vol. 36, N 1. P. 35-41. DOI: https://doi.org/10.1016/j.ccm.2014.10.003 Epub 2014 Nov 6. PMID: 25676517.

4. Anderson E., Frasca S., Asakawa M. et al. Splenic mycobacteriosis in an Atlantic guitarfish, Rhinobatos lentiginosus Garman // J. Fish Dis. 2012. Vol. 35, N 7. P. 541-544.

5. Parikka M., Hammarén M., Harjula S. et al. Mycobacterium marinum causes a latent infection that can be reactivated by gamma irradiation in adult zebrafish // PLoS Pathog. 2012. Vol. 8, N 9. Article ID e1002944.

6. Falkinham J. Ecology of nontuberculous mycobacteria - where do human infections come from? // Semin. Respir. Crit. Care Med. 2013. Vol. 34, N 1. P. 95-102.

7. Hernandez-Divers S., Shearer D. Pulmonary mycobacteriosis caused by Mycobacterium haemophilum and M. marinum in a royal python // J. Am. Vet. Med. Assoc. 2002. Vol. 220, N 11. P. 1661-1663.

8. Петров И.В., Амирова Т.Х., Петрова Л.В., Петрова Ф.С. Проблемы эпидемиологии и диагностики микобактериоза среди иммунокомпрометированных пациентов (на примере ВИЧ-инфекции) // Вестник ЦНИИТ. 2019. Спец. вып. № 1. С. 43-44.

9. Петров И.В., Амирова Т.Х., Петрова Л.В. и др. Микобактериоз среди иммунокомпрометированных пациентов (на примере ВИЧ-инфекции) // Актуальные вопросы ВИЧ-инфекции : материалы Международной научно-практической конференции, Санкт-Петербург, 10-11 июня 2019 г. Санкт-Петербург : Санкт-Петербургская общественная организация "Человек и его здоровье", 2019. С. 329-330.

10. Фоменкова Н.В., Леонова О.Н., Виноградова Т.Н., Оттен Т.Ф. Атипичный микобактериоз - оппортунистическое заболевание у больных с ВИЧ инфекцией // Медико-биологические и социально-психологические проблемы безопасности в чрезвычайных ситуациях. 2011. № 3. С. 52-57.

11. Petrov I.V., Novikova M.O., Almukhametov A.A. et al. Comparative characteristic of cases of Mycobacteriosis and Tuberculosis among HIVinfected patients // Helix Int. J. 2017. Vol. 8, N 1. P. 2988-2991.

12. Петров И.В., Амирова Т.Х., Петрова Л.В., Петрова Ф.С. Микобактериоз как инфекция, связанная с оказанием медицинской помощи (обзор эпидемиологических исследований) // Здоровье населения и среда обитания. 2020. № 7 (328). С. 37-41. DOI: https://doi. org/10.35627/2219-5238/2020-328-7-37-41

13. Griffith D.E., Aksamit T., Brown-Elliott B. et al. An Official ATS/ IDSA Statement: diagnosis, treatment, and prevention of nontuberculous mycobacterial diseases // Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2007. Vol. 175, N 4. P. 367-416. DOI: https://doi.org/10.1164/rccm.200604-571ST

14. Falkinham J.O. 3rd. Current epidemiologic trends of the nontuberculous mycobacteria (NTM) // Curr. Environ. Health Rep. 2016. Vol. 3, N 2. P. 161-167. DOI: https://doi.org/10.1007/s40572-016-0086-z PMID: 27020801.

15. Falkinham J. Nontuberculous mycobacteria in the environment // J. Clin. Chest Med. 2002. Vol. 23. P. 529-551.

16. Shin J., Lee H., Cho E. Targeting the rpoB gene using nested PCR-restriction fragment length polymorphism for identification of nontuberculous mycobacteria in hospital tap water // J. Microbiol. 2008. Vol. 46, N 6. P. 608-614.

17. Литвинов В.И. Нетуберкулезные микобактерии в "неживой и живой природе", заражение человека // Туберкулез и социально значимые заболевания. 2015. № 2. С. 28-33.

18. Al-Sulami A., Al-Taee A., Wida’a Q. Isolation and identification of Mycobacterium avium complex and other nontuberculosis mycobacteria from drinking water in Basra governorate, Iraq // East Mediterr. Health J. 2012. Vol. 18, N 3. P. 274-278.

19. Armbruster C., Forster T., Donlan R. et al. A biofilm model developed to investigate survival and disinfection of Mycobacterium mucogenicum in potable water // Biofouling. 2012. Vol. 28, N 10. P. 1129-1139.

20. Whiley H., Keegan A., Giglio S., Bentham R. Mycobacterium avium complex the role of potable water in disease transmission // J. Appl. Microbiol. 2012. Vol. 113, N 2. P. 223-232.

21. Лямин А.В., Исматуллин Д.Д., Жестков А.В., Кондратенко О.В. Лабораторная диагностика микобактериозов у пациентов с муковисцидозом (обзор литературы) // Клиническая лабораторная диагностика. 2018. Т. 63, № 5. С. 315-320. DOI: https://doi.org/10.18821/0869-2084-2018-63-5-315-320

22. Петрова Л.В., Севастьянова Э.В., Ларионова Е.Е. и др. Видовое разнообразие нетуберкулезных микобактерий, циркулирующих в Республике Марий Эл // Вестник Центрального научно-исследовательского института туберкулеза. 2019. № S2. С. 58-60. DOI: https://doi. org/10.7868/S2587667819060256

23. Петров И.В., Амирова Т.Х., Петрова Л.В., Севастьянова Э.В., Петрова Ф.С., Рассказова С.И. Микобактериоз среди иммунокомпрометированных пациентов (на примере ВИЧ-инфекции) // Материалы международной научно-практической конференции "Актуальные вопросы ВИЧ-инфекции". Санкт-Петербург : Человек и его здоровье, 2019. С. 329-330.

24. Петрова Л.В., Петров И.В., Амирова Т.Х., Петрова Ф.С., Севастьянова Э.В. Нетуберкулезные микобактерии: обзор клинических, эпидемиологических, микробиологических и гигиенических проблем // Окружающая среда и здоровье населения : материалы ХХX Всероссийской научно-практической конференции (Казань, 29 марта 2019 г.). Казань : Участок ротапринтной печати НБ КГМА, 2019. С. 41-44.

25. Amirova T.Kh., Petrov I.V., Petrova F.S., Petrova L.V., Sergeeva N.V., Kholmatov A.V. Mycobacteriosis risk factors // Adv. Health Sci. Res. 2020. Vol. 28. P. 72-75.

26. Петров И.В., Амирова Т.Х., Петрова Л.В., Петрова Ф.С. Оценка устойчивости нетуберкулезных микобактерий к дезинфицирующим средствам: обзор эпидемиологических исследований // Дезинфекционное дело. 2020. № 2 (112). С. 5-16. DOI: https://doi.org/10.35411/2076-457X-2020-2-5-16

27. Смирнова Т.Г., Андреевская С.Н., Ларионова Е.Е. и др. Мониторинг видового разнообразия нетуберкулезных микобактерий в ряде областей РФ с использованием ДНК-стрипов GenoType Mycobacterium CM/ AS (Hain Lifescience, Германия) // Туберкулез и болезни легких. 2017. Т. 95, № 5. С. 54-59.

28. Петров И.В., Петрова Ф.С., Амирова Т.Х. Гигиеническая проблема питьевой воды: устойчивость нетуберкулезных микобактерий к дезинфицирующим средствам // Здоровье человека в XXI веке. ХII Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием : сборник научных статей. Казань, 28-29 октября 2020 г. / под общ. ред. С.С. Ксембаева. Казань : МеДДок", 2020. С. 220-224.

29. Ларионова Е.Е., Андреевская С.Н., Смирнова Т.Г. и др. Методы идентификации микобактерий // Вестник Центрального научно-исследовательского института туберкулеза. 2021. № 1. С. 87-98. DOI: https:// doi.org/10.7868/S2587667821010106

30. Петрова Л.В., Мельникова Е.И., Соловьев Ю.А. и др. Выявление нетуберкулезных микобактерий в Республике Марий Эл // Туберкулез и болезни легких. 2018. Т. 96. № 2. С. 41-46. DOI: 10.21292/2075-1230-2018-96-2-41-46

31. Петров И.В., Амирова Т.Х., Петрова Л.В. и др. Микробиологические и эпидемиологические особенности микобактериозов // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2020. Т. 19, № 3. С. 89-94. DOI: https:// doi:org/10.31631/2073-3046-2020-19-3-89-94

32. Gerritsmann H., Stalder G.L., Spergser J., Hoelzl F., Deutz A., Kuebber-Heiss A. et al. Multiple strain infections and high genotypic diversity among Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis field isolates from diseased wild and domestic ruminant species in the eastern Alpine region of Austria // Infect. Genet. Evol. 2014. Vol. 21. P. 244-251. DOI: https:// doi.org/10.1016/j.meegid.2013.11.009 PMID: 24270014.

33. Deutz A., Spergser J., Wagner P. et al. Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis in wild animal species and cattle in Styria/Austria // Berl. Munch. Tierarztl. Wochenschr. 2005. Vol. 118, N 7-8. P. 314-320.

34. Springer B., Stockman L., Teschner K. et al. Two-laboratory collaborative study on identification of mycobacteria: molecular versus phenotypic methods // J. Clin. Microbiol. 1996. Vol. 34, N 2. P. 296-303. DOI: https://doi.org/10.1128/JCM.34.2.296-303.1996

35. Phelippeau M., Asmar S., Aboubaker Osman D. et al. "Mycobacterium massilipolynesiensis" sp. nov., a rapidly-growing mycobacterium of medical interest related to Mycobacterium phlei // Sci. Rep. 2017. Vol. 7, N 1. DOI: https://doi.org/10.1038/srep40443

36. Radomski N., Thibault V.C., Karoui C. et al. Determination of genotypic diversity of Mycobacterium avium subspecies from human and animal origins by mycobacterial interspersed repetitive-unit-variable-number tandem-repeat and IS1311 restriction fragment length polymorphism typing methods // J. Clin. Microbiol. 2010. Vol. 48, N 4. P. 1026-1034. DOI: https://doi.org/10.1128/JCM.01869-09

37. Johansen T.B., Djonne B., Jensen M.R., Olsen I. Distribution of IS1311 and IS1245 in Mycobacterium avium subspecies revisited // J. Clin. Microbiol. 2005. Vol. 43. P. 2500-2502.

38. Johansen T.B., Olsen I., Jensen M.R., Dahle U.R., Holstad G., Djonne B. New probes used for IS1245 and IS1311length polymorphism of Mycobacterium avium subsp. avium and Mycobacterium avium subsp. hominissuis isolates of human and animal origin in Norway // BMC Microbiol. 2007. Vol. 7. P. 1-9.

39. van Soolingen D., Bauer J., Ritacco V., Cardoso S.L.O., Pavlik I., Vincent V. et al. IS1245 restriction fragment length polymorphism typing of Mycobacterium avium isolates: proposal for standardization // J. Clin. Microbiol. 1998. Vol. 36. P. 3051-3054.

40. Cayrou C., Turenne C.Y., Behr M.A., Drancourt M. Genotyping of Mycobacterium avium complex organisms using multispacer sequence typing // Microbiology. 2009. Vol. 156, pt 3. P. 687-694. DOI: https://doi. org/10.1099/mic.0.033522-0

41. Brown-Elliott B., Catanzaro A., Daley C.L. et al. An official ATS/ IDSA statement: diagnosis, treatment, and prevention of nontuberculous mycobacterial diseases // Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2007. Vol. 175, N 4. P. 367-416. DOI: https://doi.org/10.1164/rccm.200604-571ST

42. Севастьянова Э.В., Голышевская В.И. Выявление туберкулеза методом микроскопии. Тверь : Триада, 2008. 100 с.

43. Petrov I.V., Novikova M.O., Petrova L.V. et al. Prevention of healthcare associated infections in the Tuberculosis Health Center // Helix Int. J. 2017. Vol. 8, N 1. P. 2958-2963.

44. Майорова А.А., Степаншина В.Н., Коробова О.В., Шемякин И.Г., Лазовская А.Л., Ильина Е.А. Использование ПЦР-секвенирования гена 16S рРНК для видовой идентификации микобактерий нетуберкулезного комплекса // Молекулярная генетика, микробиология, вирусология. 2004. № 3. С. 11-20.

45. Лямин А.В., Жестков А.В., Исматуллин Д.Д., Ковалев А.М. Лабораторная диагностика микобактериозов // Вестник современной клинической медицины. 2017. Т. 10, вып. 1. С. 29-35. DOI: https://doi. org/10.20969/VSKM.2017.10(1).29-35

46. Gcebe N., Rutten V., Pittius N.G.V., Naicker B., Michel A. Mycobacterium malmesburyense sp. nov.: a non-tuberculous species of the genusMycobacteriumrevealedbymultiplegenesequencecharacterization// Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2016. Vol. 67, N 4. P. 832-838. DOI: https://doi. org/10.1099/ijsem.0.001678

47. Hall L., Doerr K.A., Wohlfiel S.L., Roberts G.D. Evaluation of the MicroSeq system for identification of mycobacteria by 16S ribosomal DNA sequencing and its integration into a routine clinical mycobacteriology laboratory // J. Clin. Microbiol. 2003. Vol. 41, N 4. P. 1447-1453. DOI: https://doi.org/10.1128/JCM.41.4.1447-1453.2003

48. Mcnabb A., Eisler D. Assessment of partial sequencing of the 65-kilodalton heat shock protein gene (hsp65) for routine identification of Mycobacterium species isolated from clinical sources // J. Clin. Microbiol. 2004. Vol. 42, N 7. P. 3000-3011. DOI: https://doi.org/10.1128/JCM.42.7.3000-3011.2004

ГЛАВНЫЙ РЕДАКТОР
ГЛАВНЫЙ РЕДАКТОР
Ющук Николай Дмитриевич
Академик РАН, профессор, заведующий кафедрой инфекционных болезней и эпидемиологии, президент ФГБОУ ВО "Московский государственный медико-стоматологический университет им. А.И. Евдокимова" Минздрава России, член Правления Национального научного общества инфекционистов.
РОСМЕДОБР 2021
Вскрытие
Медицина сегодня
III Конгресс "Психическое здоровье человека XXI века"

ДЕТИ. ОБЩЕСТВО. БУДУЩЕЕ. III Конгресс "Психическое здоровье человека XXI века" Более 10 тысяч медицинских и немедицинских специалистов в сфере охраны психического здоровья, а также представителей социально-ориентированных НКО, деловых кругов, СМИ из 37 стран стали...

II Национальный междисциплинарный конгресс "Времена года. Женское здоровье от юного до серебряного и золотого возраста".

Пресс-релиз 21 и 22 октября 2021 года состоится II Национальный междисциплинарный конгресс "Времена года. Женское здоровье от юного до серебряного и золотого возраста" . Конгресс будет посвящен 20-летию Российской Ассоциации Маммологов и 15-летию первой кафедры клинической...

VIII Байкальские офтальмологические чтения "Визуализация в офтальмологии. Настоящее и будущее"

VIII Байкальские офтальмологические чтения "Визуализация в офтальмологии. Настоящее и будущее" 4-5 декабря 2021 года состоится Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием VIII Байкальские офтальмологические чтения "Визуализация в офтальмологии....


Журналы «ГЭОТАР-Медиа»